1936 metais Daugpilio Švč. Mergelės Marijos bažnyčios klebonas P. Rudzītis laikė pamaldas Pļaviņose. Dėl tam tikrų priežasčių jis pradėjo laikyti pamaldas Krievkalno mokykloje, esančioje netoli Koknesės. Čia pamaldų laikyti atvykdavo ir Daugpilio vikaras K. Lielbārdis.
Klebonas P. Rudzītis Koknesėje nusipirko sklypą bažnyčiai statyti. Iš tikrųjų Koknesės bažnyčios statybos pradžia buvo Daugpilyje, nes ten buvo paruoštos visos medinės konstrukcijos: jos buvo pakrautos į geležinkelio vagonus ir atgabentos į Koknesę, kur paruoštos konstrukcijos buvo greitai sumontuotos. Bažnyčia buvo statoma statramsčių konstrukcijos būdu.
1939 metais, nors grindys dar nebuvo įrengtos, Koknesės bažnyčia jau buvo pašventinta. Pasak klebono Rudzīčio, bažnyčios statyba kainavo 12 000 Latvijos latų.
Praėjusio amžiaus devintajame dešimtmetyje, vadovaujant klebonui Jāniui Zviedrānui ir padedant parapijiečiams, buvo atliktas didelis bažnyčios remontas: bažnyčia apmūryta raudonomis plytomis, pastatyti tvoros stulpeliai. Vidus iš naujo apkaltas parketo plokštėmis, įrengti nauji altoriai. 2003 metais dailininkas A. Dobenbergs nutapė naujus altoriaus paveikslus.
Kurį laiką Koknesėje veikė tik viena – Romos katalikų bažnyčia, kurioje pamaldas laikė ne tik katalikai, bet ir stačiatikiai bei liuteronai.
1996 metais bažnyčia gavo ypatingą atminimo apdovanojimą – tarp visuomeninių pastatų ji buvo pripažinta „Geriausiai sutvarkyta Koknesės sodyba“.
