Jaunjelgavas luterāņu baznīcas celtniecības ideja meklējama 1596. gadā, kad Kurzemes hercogs Gothards Ketlers pieņēma lēmumu par dievnama celtniecību un jau 1652. gadā ēkas būvniecība bija pabeigta. Sākotnējā baznīca bija celta no koka, un 1770. gadā klāt uzcelts mūra tornis, zem tā atradās kapliča ar septiņiem apbedījumiem: viens cinka, pārējie koka zārki. Jau 1878. gadā baznīca tika uzcelta kā mūra celtne, kuras tornim 1882. gadā klāt piebūvēja arī augšējo daļu. Draudzes garīdzniekiem bija stingra prasība, lai tie zinātu arī latviešu valodu, lai veiksmīgāk varētu pievērst jaunus ticīgos. Dievkalpojumi notikuši gan latviešu, gan vācu valodā. Kad zvanījuši dievnama zvani, to skaņas varēja dzirdēt pat piecus km ārpus pilsētas, jo Pirmā pasaules kara laikā baznīcai bija divi zvani, pēc kara tikai viens tika atgūts.
1947. gadā 30. aprīlī izcēlās ugunsgrēks un baznīca nodega. Sadega viss, arī ērģeles. No liesmām izdevās glābt tikai altārgleznu un solu. Zvanu tornī atradās divi zvani, kuri krītot saplīsa. Zvanu tornis degot krita uz rietumu pusi. Baznīcu vairs nevarēja glābt, bet iedzīvotāji centās glābt blakus esošās ēkas, starp tām arī katoļu baznīcu, kas bija koka celtne un atradās gandrīz blakus luterāņu baznīcai.
Pēckara politiskais stāvoklis un draudzes materiālie līdzekļi baznīcu atjaunot neļāva. Kādu laiku dievkalpojumi notika baznīcas drupās. Vēlāk dievnama mūrus saspridzināja, drupas novāca un baznīcas vietā ierīkoja mītiņu laukumu, savukārt baznīcas dārzā – Otrā pasaules karā kritušo brāļu kapus. Luterāņu dievkalpojumus kādu laiku varēja noturēt pareizticīgo vai baptistu dievnamā.
1956. gadā mācītājs Mārtiņš Kārtiņš ierosināja celt jaunu dievnamu un panāca, ka tiek piešķirts apbūves gabals pie pilsētas kapsētas. Ar lielu draudzes palīdzību un atbalstu tika sākti būvdarbi, un 1957. gada maijā – Baltajā svētdienā – notika jaunās baznīcas atklāšana un iesvētīšana. 1960. gadā uzcelts baznīcas tornis. Baznīcā novietota altārglezna un sols, kas saglabājušies no vecās baznīcas. Latvijā šī baznīca ir īpaša ar to, ka tika uzcelta padomju okupācijas laikā. Dievkalpojumi baznīcā notiek katru svētdienu.